Esto se debe a que el juego guarda una copia en memoria del archivo y la sobreescribe cada vez que se apaga el servidor. Para editar el archivo acl.xml tenés que detener el servidor por completo, editarlo desde el panel de control o por ftp y luego volver a iniciarlo.
Si lo hiciste con el servidor prendido podés colocar el comando reloadadmins en la consola web y el servidor actualizará el archivo sin tener que reiniciarlo.
